本院经审查认为，本案系建设工程施工合同纠纷再审审查案件，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百条的规定对美利公司的申请再审理由进行审查。

关于诉讼请求。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第五十一条的规定，原告可以放弃或者变更诉讼请求。水亿公司在案件被发回重审后将其诉讼请求由支付工程结算款变更为支付工程进度款，是其对自身民事权利的处分，原审法院对此予以确认并无不当。美利公司主张此节程序违法，缺乏依据。

关于法律适用。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”美利公司与水亿公司签订《岸滩补砂工程劳务分包合同》，将案涉分包工程全部转包给水亿公司施工,属于违法转包的情形，应认定合同无效，但工程已由水亿公司施工完毕，并由美利公司移交给中交一航局。水亿公司依据与美利公司签订的分包合同及其履行情况请求美利公司支付工程进度款具有事实和法律依据。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条规定：“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持。”美利公司接受了水亿公司移交的工程，且已移交给总承包人，应视为工程经过了竣工验收且质量符合约定，美利公司又以未经竣工验收为由主张权利，不应获得支持。综上，原审认定水亿公司有权请求美利公司参照合同约定支付工程价款并无不当。美利公司关于原审适用法律错误的申请再审理由不能成立。

关于工程量计算。如前所述，案涉分包工程已施工完毕并移交给总承包人，总承包人向美利公司支付了进度款，水亿公司请求美利公司支付进度款的条件已经成就。水亿公司与美利公司就施工工程量不能达成一致，因美利公司向总承包人移交的案涉分包工程完全由水亿公司施工完成，美利公司与总承包人确认了实际工程量为51万立方米，原审支持水亿公司的主张并无不当，美利公司申请再审没有充分的证据推翻原审的认定。